Institutionen för ekologi och genetik

Rovdjursövervakningen: DNA-analyser vid laboratoriet

DNA kan utvinnas från många olika material. I rovdjursövervakningen är det mestadels spillning som samlas in, samt en del hår, sekret och blodspår. Vi får även in vävnad från märkta djur (öronklipp) och från avlidna djur.

Vi arbetar efter strikta rutiner samt dokumenterar varje steg av laboratoriearbetet för att få ett enhetligt, effektivt och spårbart system. Lågkvalitativt DNA (ex spillning, hår, sekret) hanteras på ett speciellt rent laboratorium för att undvika kontamination

Vårt labb

DNA-prepp
Spillningsproverna samlas in på torkmedel (silica) och levereras väl uppmärkta till labbet.
Provregistrering
Efter att proverna behandlats i -80 grader en vecka, för att säkert avdöda eventuella parasiter, skannas streckkoden på röret och provet registreras i vårt system.
DNA-prepp
Ytan i dragskåpet är väl rengjord och rör, vågskepp och skalpell är redo för att hantera provet som finns i röret.
DNA-prepp
Provet hälls upp i det antistatiska vågskeppet och en liten bit används för DNA-extraktion. Resten av provet sparas.
DNA-prepp
Proverna står på värmeskak över natt.
DNA-prepp
En DNA-extraktionsrobot utför det sista steget i processen att utvinna DNA från materialet.
PCR-setup
Proverna analyseras vidare för olika markörer. Här sätts en så kallad PCR-reaktion upp.
Fluidigm
SNP-analyserna körs på ett system från Fluidigm.
Fluidigm
Datat som kommer ut från Fluidigm-systemet gås sedan igenom manuellt.
ABI3730XL
Mikrosatellitanalyser görs på en ABI3730XL.
Genemapper
Datat som ABI3730XL spottar ut gås sedan igenom manuellt.